本會實施總會制，而本會最高的行政組織是總議會，由全體教牧同工及各堂會和佈道所的代表組成，透過選舉選出正副監督及董事部成員。董事部下設各部門負責本會一切事工包括教會、教育服務以及社會服務。

現任監督：梁溢敏牧師

現任副監督：楊文玉牧師